物流代行の料金相場を完全解説！費用内訳と見積もりの見方

EC事業の拡大に伴い、多くの事業者が直面するのが「物流業務の負担」と「物流コストの管理」という課題です。「自社発送の限界を感じているが、アウトソーシングすると利益が圧迫されるのではないか」「提示された見積もりが適正価格なのか判断できない」といった悩みを抱えていませんか？

物流代行（アウトソーシング）は、正しく活用すれば固定費の削減やコア業務への集中という大きなメリットを生み出します。しかし、複雑な料金体系を理解せずに契約してしまうと、想定外のコストが発生するリスクもあります。

本記事では、物流代行の料金相場、費用の内訳、そして見積もりの正しい見方を初心者にもわかりやすく徹底解説します。適正価格を知り、自社に最適な物流パートナーを選ぶための判断基準の参考にして頂ければと思います。

物流代行の料金体系とは？5つの主要コスト内訳を徹底解剖

物流代行の料金体系は、大きく分けて「固定費」と「変動費」の2つで構成されています。しかし、業者によって項目の名称や計算方法が異なるため、比較検討が難しいのが現状です。

まずは、見積もりを比較する際の共通言語となる、基本的な5つのコスト項目について解説します。これらを理解することで、「どこにお金がかかっているのか」を正確に把握できるようになります。

基本料金（システム利用料・管理費）

基本料金とは、荷物の動きがない月でも発生する固定費のことです。主に以下の2つが含まれます。

• 業務管理費（基本料金）：物流センターとの契約維持、管理担当者の人件費、倉庫のセキュリティ維持などに充てられる費用です。
• システム利用料（WMS利用料）：在庫管理システム（WMS）のアカウント使用料です。ECカートシステムとのAPI連携費用が含まれる場合もあります。

この費用は、「物流品質を担保するための基礎コスト」と言えます。格安を謳う業者の中にはここを無料にするケースもありますが、その分、作業単価が高めに設定されている場合があるため、トータルコストでの判断が必要です。※NEOlogiは固定費無料で出荷費用もリーズナブルです！

保管料（坪貸し・商品単体・パレット）

保管料は、商品を倉庫に置いておくためのスペース代です。料金体系には大きく分けて以下の3パターンがあります。

保管形態	特徴とメリット・デメリット
坪貸し契約	スペース（坪数）単位で固定契約します。商品が少なくても料金が発生しますが、満杯まで詰め込めば単価は安くなります。
個建て（ピース）保管	商品1点、または1ケース単位で課金されます。物量が少ないスタートアップ期のEC事業者に適しています。
パレット保管	1パレット（1.1m×1.1m）単位で課金されます。保管効率が良く、まとまった量の商品を扱う場合にコストパフォーマンスが高くなります。

入出庫料・作業料（ピッキング・検品・梱包）

入出庫料・作業料は、倉庫内で人が動くことに対して発生する「変動費」です。EC物流において最も変動幅が大きい項目です。

• 入庫料：商品が倉庫に到着した際、数量確認や棚入れを行う費用です。「1個あたり」「1ケースあたり」で計算されます。
• ピッキング料：出荷指示に基づき、棚から商品を取り出す費用です。
• 検品料：商品の破損や型番間違いがないかを確認する費用です。
• 梱包料：商品をダンボールに詰め、送り状を貼る作業費用です。

これらの作業は、丁寧さとスピードが求められる部分であり、コストだけで選ぶと「誤出荷」や「梱包の雑さ」によるクレームに繋がるリスクがあります。

付帯作業費（流通加工・ギフト・チラシ）

基本的な入出荷以外の特別な作業にかかる費用です。EC通販では「おもてなし」の一環として重要視される項目です。

具体的には、ギフトラッピング、商品タグの付け替え、チラシやサンプルの同梱、セット組み（バンドル販売用）などが該当します。これらは機械化が難しく手作業となるため、「1分あたりの人件費」または「1作業あたりの単価」で請求されることが一般的です。事前に作業手順書を提示し、正確な見積もりを取ることが重要です。

配送料（サイズ・重量・配送地域・運送会社）

倉庫から購入者（エンドユーザー）へ商品を届けるための運賃です。物流コスト全体の約5〜6割を占めると言われており、利益率に直結する最も重要な項目です。

配送料は、「荷物のサイズ（3辺合計）」「重量」「配送エリア」によって決まります。物流代行会社は運送会社（ヤマト運輸、佐川急便、日本郵便など）と大口契約を結んでいるため、個人で発送するよりも安価な「特約運賃」が適用されるケースがほとんどです。どの運送会社を利用できるか、サイズごとの料金設定はどうなっているかを確認しましょう。

項目別の料金相場リスト｜保管料から配送料まで目安を公開

料金構造を理解したところで、具体的な相場感を見ていきましょう。ただし、これらの金額は「取り扱い物量」「倉庫の立地」「商品特性（アパレル、食品、精密機器など）」によって変動します。あくまで一般的な目安として捉え、見積もり比較の基準にしてください。

保管料の相場（坪単価・ラック・パレット）

保管料は、倉庫の立地（関東・関西などの都市部か、地方か）によって大きく異なります。都市部に近いほど配送リードタイムは短くなりますが、保管料は高くなる傾向にあります。

単位	相場目安（月額）
坪貸し	4,000円〜7,000円 / 坪
パレット	3,000円〜5,000円 / パレット
ラック	2,500円〜4,000円 / ラック

少量多品種を扱うEC事業者の場合、スペース単位ではなく「商品1個あたり保管料（日割り計算など）」を採用しているサービスの方が、無駄な空きスペース代を払わずに済むため割安になることが多いです。

入庫・デバンニング料の相場

商品の受け入れにかかる費用です。海外からの輸入コンテナを受け入れる場合は「デバンニング料」が発生します。

• 入庫料（ピース）：10円〜30円 / 個（検品含む場合が多い）
• 入庫料（ケース）：30円〜80円 / 箱
• デバンニング料（コンテナ）：
  • 20フィート：25,000円〜35,000円 / 本
  • 40フィート：35,000円〜50,000円 / 本

デバンニングは重労働であり、時間帯指定や待機時間が発生すると追加料金がかかることがあります。

ピッキング・梱包料の相場

出荷作業のコアとなる部分です。商品の形状や梱包の難易度によって単価が変わります。

項目	相場目安
ピッキング料	15円〜30円 / 点
梱包作業料	150円〜500円 / 箱（資材費別の場合が多い）
納品書封入	10円〜20円 / 枚

梱包料には「送り状発行・貼付」「封緘作業」が含まれます。極端に安い業者の場合、梱包の品質が低い可能性があるため注意が必要です。

配送料の相場（全国一律・地域別）

配送料は、物流代行会社が運送会社とどのような契約を結んでいるかで大きく異なります。一般的には、以下の2パターンがあります。

1. 全国一律料金：北海道・沖縄・離島を除くすべての地域へ一律料金で配送。コスト計算が容易。
2. 地域別料金：配送距離に応じて料金が変動。近場への配送が多い場合に有利。

一般的な宅配便（60サイズ）の代行相場目安：500円〜700円程度

これより安い場合は「メール便（ポスト投函）」などを活用している可能性があります。商品のサイズと配送品質に合わせて選びましょう。

意外と見落としがちな3つの隠れコスト

見積もりの総額だけを見て「A社が一番安い」と即決するのは危険です。初期見積もりには含まれていないものの、実際の運用で頻繁に発生する「隠れコスト」が存在するからです。

契約後に「こんなに請求が来るとは思わなかった」と後悔しないために、以下の3点は必ず確認してください。

資材費（ダンボール・緩衝材）の実費請求

見積もりで「梱包作業費」が安く見えても、別途「資材費」が高額に設定されているケースがあります。

例えば、作業費が150円でも、指定ダンボール代が1枚100円、緩衝材が50円かかれば、梱包コストは合計300円になります。以下の点を確認しましょう。

• ダンボールや緩衝材は「込み」の価格か、「実費請求」か。
• 自社で用意した資材（ロゴ入りなど）を持ち込むことは可能か、その場合の持ち込み料はかかるか。
• 使用する資材のサイズ展開は豊富か（商品に対して箱が大きすぎると、配送料も高くなる）。

チラシ封入やラッピングなどのオプション作業費用

EC事業では、リピーター獲得のためにサンクスカードやキャンペーンチラシを同梱したい場面が多々あります。

標準作業以外のことを依頼する場合、以下のような細かい費用が発生します。

• 同梱費用：チラシ1枚につき5円〜10円。
• セット組み（アッセンブリ）：商品を組み合わせて袋詰めする作業費。
• ラッピング費用：リボン掛けや包装紙対応。

特に「将来的にやりたいこと」が含まれている場合、そのオプション単価が高いと、販促施策を行うたびにコストが跳ね上がってしまいます。

緊急出荷や時間外対応にかかる割増費用

EC物流はスピードが命ですが、物流倉庫には「当日出荷の締め切り時間（カットオフタイム）」が存在します。

「お客様から急ぎの要望があったので、締め切り時間を過ぎてしまったが出荷してほしい」といったイレギュラーな対応を依頼する場合、「緊急対応費」や「時間外割増」が発生することがあります。また、土日祝日の稼働状況や、それにかかる割増料金についても事前に確認しておくことが、トラブル防止につながります。

適正化を実現する3つのチェック点

「相場より高い気がする」「利益率を改善したい」と感じている場合、現在の物流オペレーションに無駄が生じている可能性があります。単に安い業者を探すだけでなく、自社の運用を見直すことでコストダウンが可能です。

固定費となっている保管スペースの無駄を見直す

坪貸し契約の場合、商品が減っても家賃（保管料）は変わりません。在庫回転率の悪い商品（不良在庫）がスペースを占領していませんか？

• 長期滞留在庫の処分：保管料を払い続けるより、セールで売り切るか廃棄した方が安く済む場合があります。
• 保管形態の変更：物量の変動が激しい場合は、使った分だけ課金される「個建て保管」や「従量課金制」の倉庫へ切り替えることを検討しましょう。

商品のサイズ区分と配送料のランク設定を見直す

配送料は「サイズ」で決まります。わずか数センチの違いで「60サイズ」が「80サイズ」になり、送料が100円以上アップすることも珍しくありません。

• パッケージの見直し：商品の外箱を数ミリ小さくするだけで、ワンランク下のサイズで送れる場合があります。
• 空気輸送の廃止：商品に対してダンボールが大きすぎる「空気輸送」になっていませんか？適切なサイズの資材を選定してくれる業者を選ぶか、資材の種類を見直しましょう。

過剰な梱包品質や同梱物のルールを見直す

丁寧な梱包は顧客満足度を高めますが、過剰品質はコスト増の要因です。

例えば、「割れ物でもない商品に何重にもプチプチを巻く」「毎回必ず3種類のチラシを入れる」といったルールは本当に必要でしょうか？商品カテゴリーごとに梱包ルールを最適化（簡易梱包化）したり、チラシの効果測定を行って同梱物を厳選したりすることで、資材費と作業費の両方を削減できます。

変動費化とシステム連携で物流コストを最適化しよう

物流代行の料金は、「基本料金」「保管料」「入出庫・作業料」「付帯作業費」「配送料」の5つで構成されています。表面的な安さだけでなく、資材費やオプション費用などの隠れコストを含めたトータルコストで見積もりを判断することが重要です。

EC事業の成長に合わせて物流コストを適正化するには、固定費を極力減らし、物量に応じて変動する料金体系（従量課金制）を選ぶことが成功の鍵です。

もし、あなたが「今の物流コストが適正かわからない」「固定費をなくして、使った分だけ支払う仕組みにしたい」とお考えなら、クラウド物流アウトソーシング「NEOlogi」をご検討ください。

NEOlogiは、初期費用・固定費ゼロで、1個からでも利用可能な完全従量課金制の物流サービスです。国内外への発送に対応し、主要なECカートシステムと自動連携することで、物流業務の手間とコストを同時に削減します。